１、企业性质与实际不符。主要表现在以下几方面：一是企业实际经营性质与登记注册性质不符。经过多年来的经济体制改革，目前是各种经济成分并存，私营企业、股份制企业等已成为我国的主要经济类型，在县城以下国有企业、集体企业已基本不存在，而国税发（９４）１５５号文件规定，福利企业"必须是实行独立核算的国有企业或集体企业"，显然已与当前的经济形势不相适应，经营者使用着集体性质的招牌，而大部份资本确是个人所有。面对名不符实的经济性质，福利企业仍然享受着
税收优惠，
税务机关确无法阻挡，为税收管理埋下了隐患。二是实际投资主体与企业账面所列不符。按照优惠政策规定，福利企业必须"由
民政部门、街道、乡镇举办"，为此，一些经营者或投资者在新办、扩大规模或投资、增项时，通常先将资金汇入这些政府、部门，再以政府、部门的名义投入所属企业，企业账面所列"集体资本"明知与实际不符，
税务机关确难以核查与界定。
２、四残人员情况不真实。安置"四残人员"是否达到规定的标准，是能否享受福利企业
税收优惠政策的核心指标。目前在"四残人员"安置和管理中存在以下问题：（１）"四残人员"安置比例不足。主要表现为：一是虚列四残人员数量，对四残人员招收不足的，采取虚列花名册、编造虚假工资表等手段，虚报残疾人数。二是虚增"四残人员"安置比例，通常采用使用临时工手法，减少正常生产工人数量，以提高四残人员比例。三是人为调节人员比例，有些企业在四残人员已确定的前提下，增加管理人员数量，减少生产工人数量，人为地提高四残人员占生产人员的比例。（２）"四残人员"顶岗不足。主要有：一是有些企业的四残人员大部份只挂名拿工资，不顶岗上班；二是有些企业科技含量高、劳动强度大，安全要求高、四残人员因劳动技能低而无法顶岗；三是有的四残人员根本就无顶岗的能力；四是有些企业是实行的是二班或三班制，晚班和夜班四残人员无法适应。
３、税负偏高增长速度快。享受"先征后返"是国家对
民政福利企业
税收优惠政策的核心。因为可以享受全额退税，有些企业因此而不怕税负高，想尽办法偷逃、转移税收，表现为：一是为他人代开或虚开发票，收取费用；二是在采购原材料时不按规定索取发票，以白条入账，而
税务机关对此只能处于罚款，影响不了其退税；三是关联企业之间转移税负至福利企业，一方少缴，另一方多退。由于上述问题的存在，造成目前福利企业投资多、增项多，发展、增长速度快，税务部门确难以和无法控制，造成
税务机关退税管理难度加大。
４、内销出口货物难区分。福利企业销售给外贸企业或其他出口企业出口的货物，按规定不得享受先征后返退税，在２００４年６月１日以前，销售给外贸企业用于出口的货物必须开具
增值税专用税票，
税务机关对福利企业用于出口和内销的货物能明确区分。自２００４年６月１日后国家对出口货物不再实行
增值税专用税票管理，因而造成
税务部门无法确定
民政福利企业货物的销售对象，极有可能对福利企业用于出口部分的货物进行退税。
